过滤系统包括两方面，一方面是生化过滤，另一方面是物理过滤。
生化过滤：是以培养为主的过滤方式。
我们常见的就是水妖精(气动式过滤器)以及上流行的气举。其原理就是以多孔隙的滤材上形成高氧区、水流体，用以培养硝化。
物理过滤：是以抽取缸中肉眼可见废物。
通过较致密的过滤物，也就是我们常用的过滤棉，用以阻断大颗粒的废物再次回到缸内。物理过滤过程中也包含有生化过滤过程，因为过滤棉上也会培养硝化生长。常见的就是上滤。
滴流与渗流： 滴流式过滤，这种过滤系统多用于溢流式过滤器或上部式滴流盒，其主要特征在于滤材大部份暴露天空气里，滤材主要以陶瓷环、生化球、过滤棉为过滤材质，进行生化过滤过程，过滤仓内有流动空气，但无物理过滤的功能。 渗流式过滤 ，滤材通常为滤棉、生化棉、底砂。主要的特征为滤材基本浸于水体之中，不与空气直接接触，起到物理过滤过程，但是在生化棉和底砂之间有较大的空隙，可为消化提供良好的生存环境，也有一定的生化过滤能力。这两种过滤系统的过滤效果都很好，但也有缺点，滴流过滤需要在鱼缸上部占较大的一块空间，也不美观。
在缸中投放清道夫和食苔虾，它们能清除附着在缸壁上的污垢和藻类，使缸壁清晰。
具备了如上条件，您的水族缸中的水自然会是十分清洁的，虽然在底砂中仍会看到固体渣滓，但并不会影响到水的清晰，是无害的，如果种了水草还是肥料，可以减少水草肥的用量。
光照太强，使水中的绿藻不断生长，所以水就会变绿了。现在只能换水，为鱼缸遮阴，鱼缸不能让放在窗边，让太阳直射。如果是鱼缸壁有绿藻，可以养一两条清道夫来吃绿藻。 藻虾，黑壳虾或苹果螺（福寿螺）也可以。