食品的危害分析是HACCP七大原理之一，也是企业实施HACCP体系的一项基础工作。所谓食品危害分析是指识别出食品中可能存在的给人们身体带来伤害或疾病的生物、化学和物理因素，并评估危害的严重程度和发生的可能性，以便采取措施加以控制。食品危害分析一般分为危害识别和危害评估。

危害识别

食品的危害识别在HACCP体系中是十分关键的环节，它要求在食品原料使用、生产加工和销售、包装、运输等各个环节对可能发生的食品危害进行充分的识别，列出所有潜在的危害，以便采取进一步的行动。食品中的危害一般可分为生物危害、化学危害和物理危害。

生物危害

生物危害包括病原性微生物、病毒和寄生虫。

病原性微生物一般会导致食源性疾病的发生，且发病率较高。在美国平均每年达3万多例，我国每年报告的集体发病事件，多数也属于食源性疾病。病原性微生物对人体健康造成的伤害包括食源性感染和食源性中毒。食源性感染会造成腹泻、呕吐等症状；食源性中毒，即食物中毒，对人体造成的危害更加严重。病原性微生物主要的来源是，在适宜的环境如营养成分、pH值、温度、水活度、气体（氧气）等条件下，微生物会快速繁殖，从而引起食物腐败变质。

病毒比更小，食品携带上病毒后，可以通过感染人体细胞从而引起疾病。如1998年春天上海暴发的大规模甲肝，造成大约30万人感染上甲型肝炎病毒，导致发烧、腹泻、肝脏炎症并伴有黄疸等症状。病毒污染食品的途径一般如下：一是动植物原料环境感染了病毒，如上海甲肝病流行就是人们食用的毛蚶生长水域感染了甲肝病毒。二是原料动物携带病毒，如牛患狂犬病或口蹄疫。三是食品加工人员带有病毒，如乙肝患者。

寄生虫通常寄生在宿主体表或体内，通过食用携带寄生虫的食品而感染人体，可能出现淋巴结肿大、脑膜炎、心肌炎、肝炎、肺炎等症状。比如人们比较熟悉的猪囊虫病，就是人们食用了未煮熟的囊虫病猪肉而被感染。

寄生虫污染食品的途径有以下几种：一是原料动物患有寄生虫病，二是食品原料遭到寄生虫卵的污染，三是粪便污染、食品生熟不分。

化学危害

化学危害一般可分为天然的化学危害、添加的化学危害和外来的化学危害。

天然的化学危害来自于化学物质，这些化学物质在动物、植物自然生产过程中产生，如人们常说的毒蘑菇、某些生长在谷物上的霉菌可以生成毒素（比如黄曲霉毒素可以致癌）、河豚中含有的毒素、某些贝类因食用一些微生物和浮游植物而产生贝毒素。