三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入池依此顺流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
结构
三格式化粪池厕所结构主要由便池蹲位（或坐便器）、过粪管和贮粪池组成。
1、贮粪池
贮粪池由二根过粪管连通的三个格室的密封池组成。根据其主要功能依次可命名为截留沉淀与发酵池、再次发酵池和贮粪池。三池之间由过粪管连接。有斜插管及倒U形、倒L形管等，但以斜插管为。过粪管采用内径为100～150mmPVC塑料管为宜，也可以用水泥预制、陶管等其它材料、要求内壁光滑。为防止堵塞，考虑粪池的大小与流量，可适当增加过粪管的数量。
2、便器、盖板、清渣口、出粪口
便器一般可采用节水型便器。可以是坐便器也可以是蹲便器。格化粪池盖顶留有进粪口和清渣口，进粪口上安装便器，进粪管可采用内径为150mm的PVC塑料或其它管材，要尽量远离过粪口，并紧贴池壁，以减少水冲力对池内的扰动。在安装便器时可不用水泥固定死，进粪口也可作为清渣口。用防溅式直通便器和水封便器则不必下接进粪管第二池顶应密封，但也要留有清渣口，第三池盖顶留有出粪口，出粪口用盖密封。
3、其它配套物品
洁净卫生纸存放箱，便纸篓、扫帚及刷子，盛水器皿、照明设施、通风设备等。
容积的计算
1、、二池的有效容积
应根据使用人数、粪便贮存发酵达到无害化所需的时间决定，一般要求、第二池的有效容积应保证粪便在其中能存留30天时间，在第三池存留30天。每人每天的粪尿排泄量约为1.5L，节水型便器的冲洗水量可按每天2.OL计算，所以、二池容积的计算量不能少于3.5L。第三池容积的大小视用周期而定，一般不小于和第二池之和。如果是水冲式的户厕则贮粪池容积可适当放大。
2、三格的比例
池和第二池的容积不同，对寄生虫卵沉淀的效果有一定影响。如果池的容积过小，粪便贮留的时间短，达不到粪便分解和沉淀的目的，粪便和虫卵可能进入第二池，不仪增加了第二池的负担，而且容易造成过粪管堵塞。如果第二池容积相对较小，粪便在第二池停留的时间短，则粪便无害化处理效果就差。三个池的比例一般应为2：1：3，池贮存20天，第二池贮存10天，第三池贮存30天。
化粪池有效深度为1000mm，多不少于900mm，加上化粪池的上部空间，池深约为1150mm。
化粪池清理程序
1、用铁钩打开化粪池的盖板， 再用长竹杆(8m)搅散化粪池内杂物结块层。
2、把吸粪车开到工作现场，套好吸粪胶管(5m 长，备 3 条)放入化粪池内。
3、启动吸粪车的开关， 吸出粪便直至化粪池内的化粪结块物吸完为止，防止弄脏工作现场和过往行人的衣物。
4、盖好化粪池井盖，用清水冲洗工作现场和所有工具。
5、每年清理一次，一级池清运 90%，二级池清运 75%，三级池硬的表面全部清运。
6、化粪池清理后，目视井内无积物浮于上面，出入口畅通，保持污水不溢出地面。
7、在化粪池井盖打开后 10～15min，人不站在池边，禁止在池边点火或吸烟，以防沼气着火人。
8、人勿下池工作，防止人员中毒或陷入水中。
9、化粪池井盖打开后工作员不能离开现场，清洁完毕后，随手盖好井盖，以防行人掉入井内发生意外。