根据相关法律规定，农民工工资保证金确实可以使用金融机构出具的保函来替代。《保障农民工工资支付条例》第三十二条明确指出，“工资保证金可以用金融机构保函替代”，这意味着除了传统的现金缴存方式外，还可以通过保函的方式来满足这一制度的要求。
保函的有效期通常从开立之日起到工程合同预计竣工日期延长3个月为止。如果工程未按时完工，申请人在保函到期前需要办理延期手续。当工程项目出现拖欠农民工工资的情况时，由人社部门和行业主管部门共同出具书面通知，启动保函赔付程序。金融机构需要在收到通知后的3个工作日内划拨资金至指定的账户，用于支付拖欠的工资。
关税保函（Guarantee for the Customs Duties）是指担保银行应进口商（含加工贸易企业）的申请而向海关出具的、保证进口商履行缴纳关税义务的书面文件。关税保函主要包括两种类型，即关税保付保函、加工贸易税款保付保函。
企业应向银行提供必要的文件，这可能包括但不限于公司的财务报表（需经会计师事务所审核）、对外担保合同或协议、营业执照副本、税务登记副本、法人代码副本以及其他相关文件。如果担保需要政府或其他相关部门的批准，还需提供相应批准文件。