2002年被国家人事部、卫生部、国家中医药管理局确定为“全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师”。编著出版了《历代名方精编》、《金匮方百家医案评议》、《古今奇效单方评议》、《金匮要略校注》、《中医必读》、《连建伟中医传薪录》等著作。并先后担任国家规划教材《方剂学》编委、副主编，主编,协编教材中药专业《方剂学》副主编，共发表专业论文80余篇。《金匮要略校注》获国家中医药管理局1992年度中医药科技进步二等奖。精于脉理，平脉辨证，擅长运用经方及后世各家医方，数方相合，化裁得宜，尤对内科脾胃病有丰富的经验。
重视调肝，硫木扶土，以平为期
肝主疏泄，主一身气机的升降出入。《素问·宝命全形论篇》云“土得木而达。”脾为至阴之脏，必赖肝之疏泄，始能运化水谷以化生气血。陈士铎《石室秘录》云：“肝，克土也……土得木以疏通，则土有生气矣。明确指出了肝气升发泄对于脾升胃降、脾运胃纳的重要作用。
连老从临证实践中体会到，脾胃病因肝郁而发者十之六七。“肝为起病之源，胃为传病之所”，若肝失疏泄，气机郁结则脾胃升降失常，壅滞成病；或疏泄太过，横逆而犯，脾胃受戕；或脾胃虚弱，肝木乘之，气乱为病。因此，肝气无论太过或不及，均可直接影响脾胃的运化功能。故《血证论》云：“木之性主疏泄，食气人胃，全赖肝木之气疏泄之而水谷乃化；设肝之清阳不升，则不能疏泄水谷，渗泄中满之症，在所不免。
肝病易传脾胃，故在脾胃病时应以开郁为先，疏肝柔肝之法贯穿始终，肝脾胃三脏共调，以平为期。正如叶天士所云，“治脾胃必先制肝”、“醒胃必先制肝，培土必先制木”，实为从肝论治脾胃之纲领也。若以肝气横逆为主而脾虚不甚者，以柴胡疏肝散加味为主，舒畅肝气；肝气郁滞兼有脾虚者，则以逍遥丸加减疏肝健脾；肝郁化火者，方选景岳化肝煎解肝郁、清肝火；若肝火灼伤胃阴者，投以一贯煎加少量黄连来疏肝清肝、和胃降逆；若土壅木郁，因脾胃尖健而影响肝之疏泄功能者，以越鞠丸加味，和脾胃，疏肝木；若以脾虚失运为主而兼肝郁者，则以归芍异功散为主，培土以荣木。临床如已见肝病，则无有无脾胃病症状，时均应辅以健脾胃、助运化之品，方合仲景“见肝之病，知肝传脾，当先实脾”之意。
连老指出，肝为刚脏，喜柔润之性，因此遣方用药时宜痿叶天士“忌刚用柔”之说，适当配合白芍、当归等柔肝，也可用山萸肉、五味子酸甘化阴、以养阴柔肝，还可选用生地、枸杞以滋水涵木。巰肝时要注审而不伤阴，常用川朴花、绿萼梅、佛手等微辛而不燥烈耗阴之品，避用辛温苦燥之药，或在药中酌加养胃阴之品，如北沙参、麦冬、玉竹、石斛等，则无耗伤胃阴之弊。
统筹攻补，补而勿滞，泻而勿损
经云：“阳道实，阴道虚。”脾为至阴之脏，其病多虚；胃为阳热之腑，其病多实。脾虚证治以健脾补气、温中散寒之法，常用四君、理中之辈。胃实证治以泻热、通下、降气、消导之法，常用白虎、承气之类。连老强调，脾胃病往往虚实夹杂较多，临证不可一概而论。脾虚或兼有湿浊、湿热之实，胃实或亦有气阴之虚。因此，久病或老年体虚病者，每见寒热虚实夹杂，治当寒温并调，虚实同顾，攻补兼施。
脾胃虚证，常以甘药补之，然须把握气机之升降，分清气虚气滞之不同。甘味之品易滞气生满、助湿生痰，常配伍陈皮、佛手、木香、苏梗等导滞又甘能生湿，妨碍运化，凡因湿浊、饮邪阻滞中焦引起的呕吐痞满证，当忌用甘药。胃阴虚正忌滋腻壅塞之剂，宜清补、平补，以达胃健纳旺之目的，常用沙参、麦冬、石斛、玉竹、扁豆之类，补而不腻。如用熟地等滋腻补药时，常酌加陈皮、砂仁、木香等健脾之品，以防粘膩呆滞脾胃。
若胃火蕴结、阳明腑实、脾蕴湿热等实热证候，运用黄连、大黄、龙胆草之类苦寒之药，须详加辨证，否则偾事。若为胃气虚弱，寒凝中焦，误投苦寒方药，则伤阳败胃，或化燥竭阴。此外，胃喜润恶燥，对于木香、砂仁、苍术、厚朴、陈皮等辛香温散之辈，虽有散结消痞之功，用于脾胃气滞、湿阻、食积等证，但若久用重用，也必耗伤胃气。干姜、附子、肉桂等辛热温燥之品，虽有温中散寒之力，然亦不可用之太过，谨防胃之阴津受耗。攻伐之剂，多为峻烈之品，祛邪之力猛，然伤胃之虑亦深，故常佐以草、枣和缓之药，顾护胃气，中病即止，使病退而胃不伤。
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科研成果
发表专业论文80余篇，研究的科研项目有：“小半夏汤防治化疗呕吐作用实验研究”、“中医肾脏理论发生学研究”、“疏肝利湿法对利福平所致肝损伤的保护作用”、“抗结核药诱导肝损伤大鼠模型的研制”等，其中：《金匱要略校注》获国家中医药管理局1992年度中医药科技进步二等奖，“中医肾脏理论发生学研究”获2001年省中医药管理局科技进步二等奖，“课程建设标准及评估指标体系的研究与实践”获得2003年省教育科委“九五”规划重大研究成果二等奖，《三订通俗伤寒论》获得2004年中华中医药学会科技奖学术著作奖，“小半夏防治化疗呕吐作用实验研究”获浙江省教育厅科技进步三等奖。