保函与跟单信用证相比，当事人的权利和义务基本相同，所不同的是跟单信用证要求受益人提交的单据是包括运输单据在内的商业单据，而保函要求的单据实际上是受益人出具的关于委托人违约的声明或证明。这一区别，使两者适用范围有了很大的不同，保函可适用于各种经济交易中，为契约的一方向另一方提供担保。另外，如果委托人没有违约，保函的担保人就不必为承担赔偿责任而付款。而信用证的开证行则必须先行付款。
在保函中约定，受益人提出索赔请求时，同时提出证据证明自己已经履行了基础合同义务，或能够证明委托人没有履行基础合同义务。在这种情况下，受益人负有举证责任。如果受益人不能提供证据证明，则银行不予受理，由受益人承担不利责任。受益人提供的证明材料可以是发运货物的提单副本、第三家检验机构的商检证明或检验报告、合同双方之间的往来函电、项目监理工程师出具的证明或签字认可的其他书面文件等。
预付款保函 是指银行(担保人)应交易合同中的一方当事人(申请人)的请求，开立的以另一方当事人为受益人的保函，在申请人没有履行合同中规定的义务时，银行将保证偿还受益人预付或已付给申请人的金额。
投标保函 主要用于国际投标与招标业务，通常是招标人要求投标人参加投标的条件之一。银行(担保人)应投标人(申请人)的申请，开立的以招标人为受益人的保函，保证投标人在开标之前不中途撤销投标、不片面修改投标条件或中标后不拒绝签约、不拒绝交纳履行保证金或提供银行的履约保函，否则银行将支付给招标人一定的金额作为赔偿。其目的在于表明投标人的诚意与资格。