目前河道清淤已经从过去的仅以提高河道防洪、排涝和灌溉能力的传统水利工程目标向生态水利目标拓展，也就是说在很多河道清淤工程的目标中都含有减少河道内源污染。

专业河道清淤了解到在历史上，农村河道的清淤工程多是基于人工体力劳作的方式来完成，而大型清淤装备、清淤船只也基本上是为了港口、航道或大江大河的大规模疏浚工程而建造，无法进入中小河道进行施工，因此中小河流清淤工程一般没有非常合适的清淤装备进行施工。与农村河道清淤相关的另一个问题就是淤泥的处理问题。过去农村河道广泛存在“挖河泥”的冬季作业，并有将挖出来的河泥进行沤肥后作为肥料使用的习惯，这种习惯很自然地解决了淤泥的去向问题。而现在由于乡镇企业的发展导致了一些农村河道遭受了工业污水排放的污染，而农村生活方式的变化也使得一些小型工业废弃物、生活垃圾被弃置于河道之中。由于这些原因，一些河泥成为“污泥”，其性质不再适宜直接还田或经过沤肥后作为肥料使用。另一方面，农业生产中化肥的使用越来越普遍，也使得原先用河泥沤制的肥料逐渐丧失了需求。

过去我国在航道、港口和大规模的内河疏浚工程较多，形成了相应的技术方法和机械设备。“十五”期间，围绕河湖治理时底泥中污染物的去除问题开展了较多的“环保清淤”工程，即，指将河湖底泥中聚集的污染物通过清淤方式移出湖泊、河流的工程。环保清淤与工程清淤的差异在于清淤的底泥厚度很薄，比如太湖环保清淤工程其底泥为20～40cm的居多，因此，对清淤设备本身的定位、操作系统的精度要求很高。太湖、滇池等富营养化湖泊都开展了围绕去除底泥中富含的氮、磷营养而实施大规模的环保清淤工程。

而城市河道也普遍展开环保清淤工作，广州在召开亚运会之前，为了改善河道水质，对城市河涌进行了普遍清淤，上海的苏州河、南京秦淮河等城市河道都普遍实施了清淤工程。相对于湖泊而言，城市河道的环保清淤工程可稍微粗放一些，因为河道本身的流动性和交换的特点，施工的精度和二次污染防治的要求都没有湖泊敏感。目前环保清淤工程在淤泥的处理方面普遍采用了堆场堆放的模式，清淤产生的泥浆先进入堆场存放，在沉淀以后进行土地还原或者进行处理利用。而对于中小河道以及农村河道的清淤工程到底应该如何实施，使用什么样的清淤机械和工艺，清出来的淤泥应该如何处理，在目前尚无一个比较规范或者公认的方法。